Des chercheurs du Arc Institute et de l'université de Stanford ont franchi une étape scientifique inédite : l'utilisation d'un modèle d'IA pour concevoir les premiers génomes viraux générés par IA et validés expérimentalement.
L'étude, publiée le 17 septembre 2025, s'est concentrée sur un virus simple qui s'attaque aux bactéries (ΦX174). Les chercheurs ont choisi ce virus pour sa petite taille et parce qu'il est bien connu de la science depuis des décennies..
Une prouesse technique impressionnante
Le modèle d'IA, baptisé Evo 2, a été entraîné sur 9,3 trillions de bases d'ADN issues de 128 000 organismes. Les chercheurs ont fourni à l'IA une portion incomplète du génome du phage et lui ont demandé de la compléter.
Les séquences générées ont ensuite été filtrées puis testées en laboratoire. Sur 302 génomes produits, 16 ont donné des virus viables capables d'infecter et de tuer des bactéries — certains surpassant même l'efficacité du virus naturel.
Plusieurs virus générés étaient si différents de séquences connues (moins de 95% de similarité) qu'ils pourraient être considérés comme de nouvelles espèces.
Des capacités d'adaptation remarquables
Un cas emblématique est « Evo-Φ36 » : l’IA y a remplacé un gène par celui d’un autre virus tout en adaptant le reste du génome pour préserver sa fonctionnalité (une modification que des expériences passées avaient montré être létale pour le virus).
Les chercheurs ont également créé trois souches d’E. coli résistantes au virus naturel. Les « cocktails » de virus conçus par IA ont réussi à contourner ces défenses, là où ΦX174 échouait. Cette diversité génomique illustre la capacité de l’IA à explorer des chemins évolutifs multiples pour surmonter les résistances des bactéries.
Des questions critiques pour la biosécurité
Si les auteurs soulignent que l’IA n’a pas été entraînée sur des virus humains, le modèle Evo 2 est en libre accès.
Comme le note Andrew McCarty dans son analyse pour Asimov Press : « Ce papier sera probablement alarmant pour la communauté de la biosécurité. Le génome du VIH ne fait qu'environ 10 000 bases (pas beaucoup plus grand que les bactériophages) et le génome du coronavirus environ 30 000 bases. »
Brian Hie, qui dirige le laboratoire à l'Arc Institute, tempère ces inquiétudes : « Nous avons dû faire beaucoup de travail purement computationnel pour obtenir une génération cohérente du modèle [...] Puisque Evo 1 et 2 n'ont pas été entraînés sur des virus humains, nous nous attendons à ce que ce soit beaucoup plus difficile. »
Une mauvaise utilisation pourrait, en théorie, permettre la création d’agents pathogènes dangereux.
Cette avancée, bien que limitée à des virus simples, marque une étape importante dans la « conception de génomes » et soulève une question fondamentale : à mesure que l'IA devient capable de concevoir des systèmes biologiques fonctionnels, comment garantir que ces capacités ne seront pas détournées à des fins malveillantes ?
L'accessibilité publique du modèle, bien que bénéfique pour la recherche ouverte et le développement de thérapies antibactériennes, crée une asymétrie potentiellement préoccupante entre les capacités de conception d'agents pathogènes et les mesures de biosécurité existantes. |